东普鲁士是反对派的大本营，尤其是在波兰丧失东普鲁士的宗主权之后，反对的声音更是甚嚣尘上。腓特烈·威廉当时想要实现四个方面的目标：确保自己的最高权威被承认；取消土地领主的单独征税权；削弱行政机构的权力，打破四个高级法院和议会对行政的控制；让臣民承认选帝侯直接任命的税收官和行政官。

　　为达到上述目的，他采取了各种手段：通过强大的军事力量，逮捕和处决反对派首领罗斯以及两位冯·卡尔克施泰因家族成员；长期坚持与各议会不断缠斗；通过持续的行政管理手段，使得特权阶层和土地领主的势力被逐渐削弱。同时，在克利夫斯和1648年吞并的克利夫斯属地上，大选帝侯针对议会和土地领主突然发动了战争，结果是大选帝侯赢得了任命总督作为行政长官的权力。联合议会被废除；地方集会需要申请，以便管理和镇压；大选帝侯任命的官员持续对地方税收和行政进行干涉；中央每年定期向地方拨款补助，地方部门也不需要集中开会讨论，统一政令的力量联合军队的力量，消灭或者瓦解了中世纪以来的“自由阶层”和特权阶层。取而代之的是总督、政府、由县长管辖的县，以及由国家最高统治者任命并对其负责的税收专员。

　　大选帝侯的领地分布广泛，作为“土地之王”的他对这些领地进行直接管辖。对领地的管理模式为国内的行政部门提供了示范，可用来借鉴和升华。无论在领地管理还是行政管理方面，拿着俸禄的专业官员在数量和重要性上都大大增加。