忽必烈改“元”之后，就对吐蕃地区加强了中央的管辖。在元朝，对吐蕃地区的管理采取了设立宣政院、宗王分镇与帝师的统领、完善地方机构和设立驿站、统计户籍等措施。由于吐蕃地区封建制的确立与藏教的形成相辅而行，在经济上也出现了二者同步发展的局面，因此，元朝在吐蕃地区的管理也多采用政教合一的方式。其中，最重要的一点就是用具有政教合一身份的帝师对吐蕃地区进行管理。

　　帝师其实是元代皇帝授予藏教僧人的最高神职。元代的第一位帝师是八思巴，可以说在中央与吐蕃的关系中，八思巴起到了重要作用。

　　八思巴生于1235年，是藏教萨迦派高僧萨班的弟子，同时也是他的侄子。“八思巴”在藏语中的意思是“圣童”，是藏民给他的美称，因为八思巴7岁时就能熟读佛经，知道经文的大意了。1247年，萨班到凉州与阔端谈议吐蕃归附蒙古的事项，年仅8岁的八思巴也一同随行。萨班走后，八思巴作为人质留在了凉州。这样，他童年的大多数时间是在蒙古人的宫廷中度过的，所以八思巴受蒙古文化的影响很大。萨班去世后，15岁的八思巴作为萨班的继承人，到六盘山拜见了忽必烈。忽必烈一见到他就非常喜爱，把他留在了身边。

　　八思巴19岁的一天，他给忽必烈讲授《喜金刚·大灌顶》时说：“藏教是从天竺传来的。佛法的宗旨是要救度一切众生，引导众生到达涅槃的境界，过极乐世界的生活。要达到这个境界必须严格遵守三藏经典中所阐述的戒律而修行。假如一个人违背了三藏中的戒律，他将转生在阿鼻地狱中受苦……”可见八思巴是位虔诚的藏教高僧。

　　1260年，忽必烈抢在阿里不哥前宣布继承汗位，出于政治上的考虑，他封八思巴为“帝师”，赐玉印。1264年，忽必烈设立了专门管理全国佛教事务和西藏地方军政事务的机构——总制院，也就是宣政院的前身，命刚刚29岁的八思巴掌管。到后来，由帝师管理宣政院也就成为一种惯例。

　　有了宗教势力的帮助，元政府对吐蕃的工作就容易展开了。不久，元政府就开始在西藏设立起地方行政机构和驿站，根据吐蕃的物产分布情况，重新划分了行政区域。元政府还对吐蕃地区进行了人口普查，在前藏和后藏分别设立了13个万户，各万户兼管军事民政，皆由八思巴领导。这样一来，八思巴既是西藏的宗教领袖，同时也成为行政首脑，一个“政教合一”的新政体在西藏出现了。

　　政教合一的政体对吐蕃地区经济的发展起到了积极作用。元政府赐给帝师庄园土地，使帝师成为吐蕃地方的大封建主。这些是按照圣旨赐给八思巴的土地，不负担府库及驿站等汉地、吐蕃的任何税赋差役。而由于帝师的特殊身份，他领导下的乌思藏宣慰使司及下辖的诸万户、千户，吐蕃等处的各路宣慰使、司、都元帅府及安抚司、招讨司、元帅府等长、使，也因拥有一定数量的庄园而成为大小不等的农奴主。这就使吐蕃的经济形式具有了封建性质，促进了当地的经济发展。

　　吐蕃的政局稳定，社会安定，在农牧业稳定发展的基础上，在元朝多民族统治的庞大帝国中，手工业与商业也有了一定的发展。吐蕃的手工业多以家庭为生产加工单位。牦牛尾制作的帐篷以及羊毛织成的各种织物，种类繁多，质量精美，“毛布”“花毯子”“藏地哔叽”“氆氇”等都广受人们喜爱。乌思藏的细氆氇尤为著名，是上贡的佳品。至于金、银、象牙、珍珠、银珠的加工品和吐蕃当地的特产藏红花、木香、牛黄，虎、豹、水獭皮张及麝香等，既是贡品，也有一部分进入市场成为贸易商品。

　　因元政府的扶持，吐蕃文化在这一时期也有了相当大的发展。这种发展不是单方面的，而是相互促进的，以萨班与八思巴叔侄贡献最大。萨班与阔端商定吐蕃归附蒙古的条件后，留在了凉州，从事佛教传播工作。他发现当时蒙古人使用的畏兀儿蒙文有不完备的地方，无法标注、翻译一些梵文、藏文。为了传播翻译经文的需要，萨班便对畏兀儿蒙文加以完备，在畏兀儿字母的基础上增加了藏文表音字母，形成了一套新的字母。这套字母的出现对后来八思巴创造蒙古新字无疑有很大的影响。

　　成吉思汗所创造的蒙古文字存在着许多不完善的地方，这一点忽必烈也意识到了。在他于1260年宣布登上蒙古汗位后就命八思巴开始制定蒙古新字。八思巴同萨班一样，也是借用藏文字母，创制了41个新蒙古字母以拼写蒙语，这一新的拼音文字在1269年正式公布使用。元朝统治时期，官方文书一律用八思巴创制的蒙古新字译写。今天我们从保留下来的元代碑刻上还能看到这种文字。

　　1280年，八思巴去世后，历代藏教首领成为“帝师”，受朝廷的委托，执行朝廷命令，管理西藏政事，就成为一项没有明文的规定。

　　吐蕃文化在元朝也显现出了前所未有的繁荣。藏族长篇史诗《格萨尔王传》就大约形成于元代。这是中国文学史及世界文学史上罕见的史诗巨作，150多万行，1500多万字，歌颂了藏族英雄格萨尔王的伟大业绩。

　　另外，藏族史学作品也是在这一时期得到了发展。元代藏族学者读史、撰史之风兴起。十五卷本的《萨斯迦全集》是萨斯迦五祖的全集，其中包含有重要的原始资料。现存最古老的藏文史籍之一的《红史》，于1346—1363年由公哥朵儿只写成，对后代藏史的创作产生了重要的影响。

　　同时很多中原史书也被翻译成藏文，起到了文化促进作用。如汉族译师胡将祖把《唐书·吐蕃传》和《资治通鉴·唐记》译成藏文，并由喇嘛亦邻真乞剌思刊行。史书的编译整理，为后世留下了宝贵的文化遗产。

　　吐蕃地区佛教的发展，也推动了寺院建筑业的发展。各种建筑、绘画、雕塑艺术都在原有的基础上得到提高，艺术风格得到更好的吸取利用。如搽里八的领主请汉族巧匠修建汉式佛殿，还有拉当寺弥勒佛、沙鲁寺的莲花雕刻，都吸收了元代汉地的雕塑风格。而萨斯迦寺的黄金塔、沙鲁寺的几幅“供养天”壁画则由尼泊尔工匠完成，并受到了印度文化的影响。

　　总之，在元代大一统的客观环境下，吐蕃文化吸收融合了其他地区民族的文化，不断完善提高，得到了长足发展。