在元代这个多民族的帝国里，元朝政府对宗教信仰采取了宽容政策。

　　无论信仰什么宗教，只要不影响蒙古人的统治及尊严，就不会受到太多的限制。

　　蒙古统治者最先接受的是佛教中的禅宗思想。1214年，蒙古军攻克金人宁远城时，只有13岁的禅僧海云见到了成吉思汗。1219年，成吉思汗传诏，命海云和他的老师中观一起管理汉地僧人，并免去了僧人的差役。

　　1242年，海云又北上觐见了忽必烈，并在讲解佛法的同时，将刘秉中介绍给了他。蒙哥汗时期，吐蕃佛教（即喇嘛教）亦开始进入蒙古宫廷。后来，由于受到帝师八思巴的影响，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在朝廷的地位最高，而就全国而言，最为流行的则是禅宗。同时，从佛教派生的白云宗，即“白莲教”，在南方也拥有了越来越多的徒众，到元末竟成了农民起义军最初的主要力量。

　　道教在元代也比较盛行。元朝时期，在北方活动的道教，主要是太一、大道、全真三派及浑元教。在这些教派中以全真对蒙古统治者的影响最深。

　　全真教由道士王重阳创建，教义主旨在于宣扬儒、释、道三家合一，兼而修之，故号全真。因在金末元初，全真派掌教丘处机西行觐见成吉思汗的关系，全真教在蒙古帝国时期前期的三四十年内，成为北方道教的主要势力，形成了一门独尊的势头。后来在蒙哥在位时期，佛教与道教为谁是正宗的问题发生争论，全真教在两次佛道辩论中都失败，结果使道教的地位降至佛教之下，也改变了全真教在北方道教诸派中一门独尊的局面。但贯穿元朝始终，南方主要是太一、大道这些自宋以来就进行传播的宗教，而北方道教依旧是全真为尊。

　　伊斯兰教早在唐代就已经传入我国。元代一般称伊斯兰教徒为回回人，“回回”一名是“回纥”的谐音。元朝境内的回回人主要来源于蒙古西征时从中亚、波斯和大食俘掠来的人口或当时投降依附蒙古的官员将领，当然也有相当部分的商人。回回构成了色目人中的绝大部分，政治上很受蒙古统治者信任，不少人在中央衙门或地方官府担任要职，如元朝的著名能臣赛典赤就是回回人。

　　基督教（主要指聂思脱里教）也是唐代传入我国的，当时被称为“波斯经教”，又称为景教或大秦景教。9世纪中期，由于唐政府的取缔，基督教在内地趋于灭绝。但在辽金时期，景教在中国西北民族中广泛传播。

　　蒙古草原上的克烈部、乃蛮部都信奉基督教。这些部落被成吉思汗灭亡后，基督教也随着被征服的部众重新传入内地。因为基督教是从西北地区重新进入内地的，所以元代西北地区仍是基督教教徒比较集中的地区。此外因商业原因，大都乃至江南沿海各地也有许多信徒。

　　摩尼教是唐代传入中国的又一教派，是唐代漠北的回鹘汗国所信奉的宗教。因为回鹘人帮助唐朝平定“安史之乱”有功，所以摩尼教在唐代受到保护。公元840年回鹘人西迁以后，把摩尼教带入了吐鲁番地区。而内地的摩尼教虽遭唐政府禁限，但并未灭绝，在东南沿海一带的民间仍然被信奉。因为摩尼教崇拜光明，因此也称“明教”。到了元代，元朝人像对待其他宗教一样对待明教，并不进行干预，将其和基督教一样看待，不加区分。当时明教在泉州、温州地区十分流行，并建有寺院。

　　在元朝，天主教也传入了中国。因为蒙古大军的西征，使罗马教廷为之震动，因此法国国王和教廷都曾遣使者到达过中国。蒙古人掳回的战俘中也有东正教徒和天主教徒，后来他们定居在蒙古本土和汉地，所信仰的宗教也随之东来，但影响远不及基督教。

　　相较于东正教徒和天主教徒，犹太教进入中国的时间就要早得多了。

　　宋代时，就有相当数量的犹太人定居在开封，他们是来自波斯或中亚落籍不归的西域商旅的后裔。在开封，这部分犹太人有自己的社区，保存有自己的宗教。金代，1163年，开封的犹太人还在俺都喇的组织下开始修建了“祝虎院”，即犹太教教堂。元代，犹太人被称为术忽，或主吾，有的时候也被称为术忽回回。蒙古人并不注意区分伊斯兰教徒和犹太教徒，把他们都视为一类人。总之，只要他们的宗教信仰不损害蒙古统治的尊严，蒙古人对回回人和犹太人则采取放任态度，不予干涉。

　　另外，由于宋元时期海上贸易发达，自宋朝起，就有来华的信仰印度教（即湿婆教）的印度人。总之，应该说元朝对于宗教的宽容政策是成功的，在元朝没有发生过像西方国家那样的大规模的宗教战争，与统治者的这种态度是分不开的。

　　五、理学思想的确立

　　理学在元代的北传并取得正统地位，是元朝统治下的汉族儒士，在失去了崇高的政治地位和对国家政治的影响力后，对本民族文化的传承表现。

　　在金朝，理学就已经在北方的局部地区流传。金章宗时，信安人杜时升隐居嵩洛山中，以程学授徒，他是在北方传播“伊洛之学”的第一人。

　　后来，理学著作开始在金境流传开来。最早在金境公开刊行、造成广泛影响的是张九成作解的理学著作选集《道学发源》。

　　蒙古灭金后，与南宋之间的战争展开。1235年，蒙军攻陷湖北安陆后，俘虏了“乡贡进士”理学家赵复。赵复被俘后很快得到了元朝的重用，当时元朝行中书省事杨惟中及僚属姚枢等受命在俘虏中搜求儒、道、医、卜以及工匠艺人，知道赵复是南宋名儒后，立即护送他北上。赵复被护送到燕京后，在太极书院讲学，向他学习理学的人有上百人之多，其中北方儒士姚枢、刘因、窦默、郝经也在其内。在太极书院讲学期间，赵复也刊行了自己的著作《伊洛发挥》。后赵复又持此书遍游河北、山东，宣讲程朱理学，将理学思想较为系统地介绍到北方。所以《元史》认为“北方知有程朱之学”是从赵复开始的。

　　但由于赵复不愿做官，不久就在真定隐居了，所以他并没有直接促使理学成为官学。忽必烈经理汉地时，重用儒士，让姚枢担任劝农使、许衡做京兆提学。许衡所在州县都建起了学校。1262年，忽必烈设诸路提举学校官。许衡在1265年接受忽必烈召见时，提出了采用汉法的五条建议，其中第四条就是：“自各城市州县都要设立学校，让皇子以下的普通百姓子弟都能上学，以懂得父子君臣的纲常伦理。”忽必烈接受了这一建议，并逐步实施。后来又在京师设立了蒙古国子学，许衡作为国子祭酒主持国子学事务，在元朝的蒙古人、汉人官吏和贵族的子弟中招收学生入学读书。

　　国子学的学制体系都是许衡按照朱熹的教育思想确立的。1287年，元朝正式建立国子监，由许衡的学生耶律有尚任祭酒，一切也都遵从许衡的体系进行教学。1291年，元朝又在江南诸路学及各县学内设立了小学，自此从京师到郡县，元朝统治的各地都设立了学校。

　　在元代，地方有自由建学的权力，因此书院的数量远远超过宋朝，北及大漠，南到云南，都有地方办学。书院的山长由政府任命，掌钱谷的直学则由郡守及宪府（廉访司）考试选补。自京学到州县学以及书院的学生，经守令的荐举和台宪官的考核，合格者可出任教官或做吏员。虽然通过这一途径不能让读书人做到省台的要员，但在科举停办的时代，仍然给读书人指出了一条出路。而程朱理学就是在这样的大环境下得到传播发展的。

　　程朱理学在全国的广泛传播，为元仁宗在1313年恢复科举考试创造了必要的客观条件。元代科举乡试的程序为，蒙古人、色目人为一科，试二场。第一场经问五条，第二场策一道。至正时改为经问三条，增本经义一道。经问只在四书内出题，经义须从五经中明选一经为本经出题考试。汉人、南人为一科，试三场。第一场明经、经义二问，于四书内出题，经义一道，从五经中出题，各治一经。

　　元朝的科举考试已经和明朝的科举制度十分相近了。当时的考生在答题时，四书用朱熹的《四书章句集注》，《诗》用朱注，《尚书》以朱熹弟子蔡沈的《书集传》为主，《周易》以程颐的《伊川易传》和朱熹的《周易本义》为主，以上三经兼用古注疏，程颐、胡安国的《春秋传》《礼记》用古注疏。

　　这样一来，读书人认识到，如果不读四书五经，不学程朱理学，就没有出头的一天，所以四书五经就成了世人奉为经典的书，理学思想也在这一时刻被确立。这以后，文庙从祀诸贤的座次在元代也已依照理学的道统观加以排定。1313年6月，仁宗以先儒周敦颐、程颢、程颐、张载、邵雍、司马光、朱熹、张栻、吕祖谦和许衡从祀孔庙。1316年7月，“诏春秋释奠于先圣，以颜子、曾子、子思、孟子配享”。这样，全国的文庙制度被统一起来，道学的正统地位及其所宣扬的道统说在这时正式得到了朝廷的批准。

　　理学正统地位的确立对元后的明清影响巨大。尽管理学到明末清初时已经没落，可由于它是官方的正统学说，加上有科举制的支撑，存在了300多年。