石达开走后，洪秀全想起自金田村起义以来，6名异姓兄弟，死的死，走的走，仅剩自己一人，不禁感到胸口疼痛，食不甘味，睡不安寝。
萧朝贵、冯云山战死的惨景，杨秀清、韦昌辉的不仁不义，使他后悔怀疑石达开的忠心，但又觉得石达开过于绝情。他随即免去了善谗而又无能的哥哥的王位，但不到4年，又封洪仁达为勇王，洪仁发为信王。
李秀成以其军事天才成了太平天国的重要将领和后期主要统帅，被封为忠王。早在1853年太平天国定都南京时，李秀成因为杨秀清提拔，被举为右四军帅，随后又陆续升迁为后四监军、殿右二十指挥、二十二检点、地官副、正丞相、合天侯等职。石达开离京出走，他被封副掌率、合天义，与陈玉成共掌军政，不久又升后军主将。他与捻军相呼应，多次与清兵交战，解除了清兵对天京的围攻。1858年，李秀成与陈玉成部会师，进占浦口再破清兵江北大营。1860年5月，李秀成调集数路人马，又破清军江南大营，并乘胜攻克丹阳、常州、无锡、苏州等地，直逼上海。
当时的上海，有英、美等殖民主义者的租界，他们与清朝统治者相互勾结，共同敌对太平天国。英国驻华公使普鲁斯就曾说：“皇家海陆军当局应该采取适当措施，保卫上海，抵抗任何力量的攻击。”6月，一个名叫华尔的美国人在美国公使的指使下，组织了一支“洋枪队”，准备和清
军一起大力镇压太平军。
7月中旬，太平军打到上海附近时，李秀成照会英、美、法三国公使，向他们宣布，太平军保护在上海的外国居民不受侵犯。但英、美、法三国公使非常傲慢，对这个照会置之不理。7月16日，华尔率领“洋枪队”猛烈攻打太平军占据的松江和青浦两个地方，双方展开激战，一时间枪声大作，硝烟四起。8月2日，太平军的援军及时到达青浦，大破“洋枪队”和清军。太平军奋力杀敌，取得辉煌战果，杀死洋兵六七百人，得洋枪两千条，火炮十余门，洋炮一百余门，船数百条，在这次战斗中，华尔
受重伤五处。
1861年初，洪秀全命陈玉成率北路军，李秀成率南路军，再次西征。
命两军同时出发，于3月在武汉郊外会师，然后一齐攻打武汉。陈玉成一路冲杀，势如破竹，顺利攻下距武汉仅有一百里的黄州，并驻扎黄州，等候李秀成。而这时李秀成正在沪浙一带的奉贤、南江、川河与清军和洋枪队交战，打得十分激烈，脱不开身。陈玉成等到4月还没有等到李秀成，这时又接到安庆危急的军报，留赖文光驻黄州等候李秀成，自己率兵增援安庆。围攻安庆的清兵十分强大，结果安庆失陷，守城一万多太平军全部牺牲。陈玉成无奈，退守庐州。6月李秀成才赶到武汉，到达后见陈玉成走了，也没攻武汉，不久又返回了江浙。
安庆失陷后，陈玉成被革去英王之职，戴罪立功。这消息传到曾国藩处，曾国藩喜形于色，大声说：“好，我们可以发兵攻打庐州了。”
陈玉成在庐州与清兵血战，清军屡战屡败，然而陈玉成却误中投降清军苗沛霖的诡计，被擒后为天国献身。
陈玉成死后，曾国藩攻占了庐州，接着命其弟——陆军统帅兼江苏布政使曾国荃进驻雨花台，水军统帅彭玉麟驶过护城河，将太平天国首都天京团团围住。洪秀全一天三下圣谕，命李秀成速反师救天京。
于是李秀成率领30万主力部队离开上海战场，返天京进攻围城湘军。
此时正是严冬天气，他的军队没带御冬寒衣，粮草供应断绝，但将士仍然奋勇杀敌。虽然洪秀全知道李秀成有才能，但又对他猜疑，怕李秀成拥权自重产生逆心，对他百般限制，百般防范。于是在这个时候，洪秀全一方面命令李秀成冒雪前进，从长江上游解救天京；另一方面又从李秀成部调走部将，削弱他的力量。李秀成孤军奋战江北，竭尽全力攻敌石垒，坚持46天，也未能解救天京。洪秀全又诏令李秀成回京，李秀成只得将军队再分。如此，战死、病死、饿死及掉队者达十余万人。
在这形势极为不利的情况下，李秀成赶到天京，劝洪秀全说：“内无粮草，外无救兵，应该让出天京，转移出去，再图大计。”而洪秀全却说：“你怎么知道天京守不住了？我奉上帝圣命来到人世杀妖安民，为天下唯一真王，我有天兵天将，守城杀敌定能成功。”
李秀成的“让城另走”建议遭到洪秀全的拒绝，而洪秀全的两个哥哥洪仁发、洪仁达也日夜防范着李秀成。
洪秀全拒绝李秀成的建议后，精神的压抑、心理的扭曲和过度的享乐，使他精疲力竭，病势日渐加重又拒绝医治，终于在1864年6月1日病故，时年50岁，他的儿子洪天贵继位。
过了一个月，天京陷落。李秀成护送幼主以数百骑乘夜色从太平门断墙缺口处突围南走，途中为追兵冲散，幼主逃往湖州，李秀成藏匿民间。
后因奸人告密，被曾国藩捕获，不久被处死。
太平军的余部又坚持斗争了一年左右，最后被曾国藩、左宗棠的湘军、李鸿章的淮军以及英、美的洋枪队联合镇压下去了。
点 评
太平天国运动，历时14年，遍及18个省，是中国历史上规模最大的一次农民起义，它的兴盛、没落，都是值得人们深思回味的。纵观历史，为什么人类反对专制暴政，追求自由平等幸福生活的大大小小的农民起义很难获得成功？即使有些斗争胜利了，也会最终又拜倒在专制主义的意识之下？一切先贤圣哲对人类理想的设计都缺乏对人性、对这个世界的全面分析，他们的思想和理念仍脱胎并依附在封建专制意识之中。