在往民报社听讲的期间，《民报》被日本政府所禁止了。原因自然由于清政府的请求，表面则说是违反出版法，因为改变出版人的名义，没有向警厅报告，结果是发行禁止之外，还处以百五十元的罚金。《民报》虽说是同盟会的机关报，但孙中山系早已不管，这回罚金也要章太炎自己去付，过期付不出，便要一元一天拉去做苦工了。到得末了一天，龚未生来找鲁迅商量，结果转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本的印费一部分，这才解了这场危难。为了这件事，鲁迅对于孙系的同盟会很是不满，特别后来孙中山叫胡汉民等在法国复刊《民报》，仍从禁止的二十四期起，却并未重印太炎的那一份，而是从新写过，更显示出他们偏狭的态度来了。

　　《民报》的文章虽是古奥，未能通俗，大概在南洋方面难得了解，但在东京及中国内地的学生中间力量也不小。太炎的有些文章，现在收在《章氏丛书》内，只像是古文，当时却含有革命意义的，鲁迅的佩服太炎可以说即在于此，即国学与革命这两点。太炎去世以后，鲁迅所写的纪念文章里面，把国学一面按下了，特别表彰他的革命精神，这正是很有见地的。知道太炎的学问，把他看作旧学的祖师极是普通，称赞他的革命便知道得更深了，虽然如许寿裳那么说他是国民党二杰之一，那也是不对的。