1940年11月，梁思成夫妇跟随中央研究院历史语言研究所迁往四川宜宾附近的小镇李庄。

　　宜宾有长江第一城的美誉，而李庄又是宜宾长江上游的第一古镇，故李庄又有“万里长江第一镇”的称呼。

　　烽火连天的抗战时期，由于国民政府的中央研究院、中央博物院筹备处、中国营造学社、同济大学和金陵大学文学研究院等机构搬迁至此，使小小的李庄一时间声名鹊起，成为与重庆、昆明和成都齐名的战时四大文化中心之一。

　　梁思成和林徽因携带家人来到李庄，将家安置在一栋简陋的老房子中。对此，后来曾专程到李庄看望梁思成和林徽因夫妇的费慰梅女士这样回忆道：营造学社在李庄的总部是一座简单的L形平房农舍，它的长臂是南北走向。这一臂的一侧从南到北是一个打通的工作间，备有供画草图和写作用的粗糙桌凳。对面是女仆的房间、储藏室和三个初级研究人员的卧室排成一行。走过一条狭窄的走廊，就是向东延伸的L形的短臂。

　　穿过走廊就是两间卧室，一间是外婆和宝宝的卧室，另一间是儿子的。再过去就是梁氏夫妇的两间房，一间卧室、一间书房，这就是短臂的全部了。他们的房子是朝南的，窗外是浓荫覆盖的、赏心悦目的一个院子。

　　对面，在L形长臂的西边，是一处更大的天井，大部分是参天的樟树，点缀着小丛的香蕉林。在院落中还散落着一些小平房，一间作厨房，远些的一间是食堂，留出些地方给莫宗江睡觉，最远的一处则是户外厕所。

　　在这间小院内还有一棵郁郁苍苍的桂圆树，梁思成在树上拴了一根竹竿，每天领着几个年轻人爬竹竿，为的是日后有条件外出测绘时，没丢掉爬梁上柱的基本功，这也成为小院内独特的风景之一。

　　梁思成夫妇虽然把家安顿下来，但是恶劣的天气、窘迫的经济条件和物资的极度匮乏，使林徽因肺结核复发，从此卧病在床，再也没能恢复健康。然而厄运却没有放过这对恩爱的夫妇，其他的不幸也接踵而至。对此，他们的女儿梁再冰后来回忆说：

　　四川气候潮湿，冬季常阴雨绵绵，对父亲和母亲的身体都很不利。我们的生活条件比在昆明时更差了。两间陋室低缕、阴暗、潮湿，竹蔑抹泥为墙，顶上席棚是蛇鼠经常出没的地方，**又常出现成群结队的臭虫，没有自来氷和电灯，煤油也须节约使用，夜间只能靠一两盏菜油灯照明。

　　我们入川后不到一个月，母亲肺结核症复发，病势来得极猛，一开始就连续几周高烧至40度不退。李庄没有任何医疗条件，不可能进行肺部透视检查，当时也没有肺病特效药，病人只能凭体力慢慢煎熬。从此，母亲就卧床不起了。尽管她稍好时还奋力持家和协助父亲做研究工作，但她身体日益衰弱，父亲的生活担子因而加重。

　　更使父亲伤脑筋的是，此时营造学社没有固定的经费来源。他无奈只得年年到重庆向“教育部”请求资助，但“乞讨”所得无几，很快地就会被通货膨胀所抵消。抗战后期物价上涨如脱缰之马，父亲每月薪金到手后如不立即去买油买米，则会迅速化为废纸一堆。食品愈来愈贵，我们的饭食也就愈来愈差，母亲吃得很少，身体日渐消瘦，后来几乎不成人形。为了略微变换伙食花样，父亲在工作之余不得不学习蒸馒头、煮饭、做菜、腌菜和用橘皮做果酱等等。

　　三叔到李庄后肺病也复发了，病情同母亲非常相似。父亲对兄弟和妻子的病都爱莫能助。他自己的体质也明显地下降，虽然才四十多岁，背已经驼得很厉害，精力也大不如前了。

　　1941年春天，正当母亲病重时，三舅林恒在一次对日空战中牺牲，外婆和母亲后来得知都为此伤痛不已——而三舅的后事也是父亲在重庆时瞒着母亲到成都去办理的。

　　后来，又传来了天津涨大水的消息。营造学社一批无法带到后方的图片资料当时寄存在天津一家银行的地窖中，涨水后全部被淹毁，这是父母和学社成员多年心血的积累，所以父亲和母亲闻讯后几乎痛哭失声。

　　尽管贫病交加，挫折一个接一个，但父母亲并不悲观气馁，父亲尤其乐观开朗。他此时常教我读些唐诗，杜甫的“剑外忽传收蓟北，初闻涕泪满衣裳。”是全家最喜爱的诗句之一。生活愈是清苦，父亲愈相信那“即从巴峡穿巫峡，便下襄阳向洛阳”的日子即将到来。他从来不愁眉苦脸，仍然酷爱画图，画图时总爱哼哼唧唧地唱歌，晚间常点个煤油灯到他那简陋的办公室去。他仍在梦想着抗战结束后再到全国各地去考察。有一次我听到他对母亲说：如果他今生有机会去敦煌一次，他就是“一步一磕头，也心甘情愿。”母亲不发烧时也大量读书做笔记，协助父亲作写《中国建筑史》的准备。她睡的小小行军帆布床周围堆满了中、外文书籍。

　　因为没有固定的经费来源，所以外出调查是根本不可能的了。梁思成就把主要精力都用在编写中国建筑学的扛鼎之作《中国建筑史》上，林徽因、莫宗江、卢绳都参加了这项工作，林徽因负责收集辽、宋的文献资料，卢绳负责收集元、明、清的文献资料，莫宗江负责绘制插图。在他们的共同努力下，1944年，我国第一本由中国人自己编写的比较完整系统的中国建筑史终于完书了，梁思成实现了“《中国建筑史》要由中国人来写”的夙愿。

　　不过，1943年发生了一段插曲，令梁思成倍感遗憾。因为缺少经费，研究工作难以开展，中国营造学社的骨干刘敦桢遂决定离开学社到中央大学建筑系任教。据说离开李庄的前一天晩上，梁思成和刘敦桢二人促膝长谈。他们自1931年开始，为了一个目标，共同奋斗了11年，这时却不能不分别了，两人边谈边流泪，直至嚎啕痛哭。

　　对于刘敦桢的离开，林徽因曾向好友费慰梅这样诉说道：“刘先生是一个非常能干、非常负责任的人。全部的账目都由他负责，连思成应付不了的琐碎杂事也交给他管。现在这些工作全要落在思成肩上了！这不大紧，如你们所知，自从我们南迁以来，营造学社里的同仁一共只有五个。现在刘先生一走，大家很可能作鸟兽散。”

　　结果不幸被林徽因言中，不久后陈明达也离开了学社赴西南公路局就职。

　　梁思成在李庄的另一大成就就是胜利征服了《营造法式》这本天书，他在助手莫宗江的协助下，用现代工程制图法，将法式大木作的全部插图绘制完毕。不过后来因为战后的复原工作，及创办清华大学建筑系，这项研究工作暂时搁置了起来。直到1962年3月广州会议后，才继续展开工作。到1966年已完成了全部文字注释工作，除小木作和彩画作尚待补充部分实例外，其他诸卷已全部完成。后又因**而停顿直至1983年才岀版了上卷。

　　在抗日战争极端困苦的情况下，梁思成与学社同仁自力更生，还出版了营造学社汇刊第七卷一、二两期。古建筑专家罗哲文先生曾回忆说：

　　“抗战时期的四川，出版刊物极为困难，尤其是在李庄乡下，就更加困难了。……思成先生想尽一切办法要恢复出版《汇刊》。……我们是用药纸、药水手写石印，不仅有文字，还有平、立、剖的墨线图。照片也是用描绘的图代替。从抄写、绘图、石印、折页、装订，完全都是学社同仁一手完成的。连全体同仁的老少家属也都参加了工作。……这种实干苦干的精神现在想起来，还是很动人的。当刊物包装完成的时候，先生的欢喜情景至今犹在眼前。”

　　恶劣的环境和高强度的工作让梁思成和林徽因的身体每况愈下，美国著名学者费正清，曾这样评价他们说：

　　“二次大战中，我们又在中国的西部重逢，他们都已成了半残的病人，却仍不顾一切，在极端艰苦的条件下致力于学术研究。在我们的心目中，他们是不怕困难，献身科学的崇高典范。……不论是疾病还是艰难的生活都丝毫没有影响他们对自己开创性研究工作的热情。就是在这一时期，梁思成写成了最近刚出版的《中国建筑史图录》。他以英文写这本书，就是为了向世界介绍中国建筑的宝藏及其结构原理。在忧患的战时生活中能获得如此成就说明他们不仅具有极高的学术水平，而且还有崇高的品德修养，而正是后者使他们能够始终不渝地坚持自我牺牲，坚定地为中国的现代化作出了自己的一份贡献。”

　　公元1945年8月，中国人民艰苦的八年抗战终于胜利了，这对于已经蛰居在李庄5年之久的学人们来说，实在是一个令人无比兴奋的好消息。然而，就在这时当梁思成带领林徽因第一次走出李庄前往重庆检查身体时，却得知了一个极为不幸的消息，医生悄悄告诉他，林徽因将会不久于人世。

　　这对于梁思成来说无疑是一个极为沉重的打击，对此，林徽因倒显得非常平静，她对梁思成说：“我想再次到昆明去，突然间得到阳光、美景和鲜花盛开的花园，以及交织着闪亮的光芒和美丽的影子、急骤的大雨和风吹的白云的昆明天空的神秘气氛，或许我会感觉好一些。”

　　为了满足林徽因的心愿，梁思成忍着悲痛，陪着她再次回到昆明，入住圆通山下的唐家花园养病。昆明的气候虽然宜人，但高原缺氧的状况却不利于林徽因肺病的治疗，而这时梁思成又受聘为清华大学建筑系主任，于是二人又离开昆明，携带全家回到阔别已久的北京。