亲临鼓励和指导湖南自治运动，是章太炎长沙之行的主要目的，但正当他在长沙时，国内形势却发生了重大变化。10月24日，广东军政府总裁岑春煊、陆荣廷、林葆悸、温宗尧等明电宣布撤销军政府，解除职务，并希望召集国会，速谋统一。27日，桂系军队撤离广州。

　　在得知广州军政府撤销的消息后，章太炎认为应该尽快促动各省相继独立，恢复武昌起义后十四省各自独立的形态，这样自然有助于各省自治。反之，西南各省不能走向自治或联省自治的道路，则势必逐步被北京政府所蚕食。在军政府的命令下，西南各省相继宣布取消自主，轰动一时的自治运动可能由此走向终结。如何稳住湖南乃至整个西南地区的自主自治形势，已成为章太炎最为关切的问题。他在分析了各方面情报后认为，四川取消自主的通电并没有军事强人熊克武的签名，这就意味着熊克武要么不知道联省自治这回事，要么就是熊克武反对取消四川自主。

　　基于这种判断，章太炎一面与张继联名致电熊克武，劝其不要听命于南方军政府取消自主，应该与湖南方面互为唇齿，实行联省自治；另一方面劝说谭延闾以联省自治的主张通电四川全体军官，让他们知道只有实行联省自治，才是解决时局危机的最好办法。

　　事情的结局确如章太炎所分析的那样，四川人对于联省自治的事情确实是闻所未闻。他们看到谭延阁等人的通电后，如大梦初醒，很快意识到如果实行联省自治，就可以不受南北政府的支配，西南大局肯定就不一样了，肯定更加稳固了。

　　在设法稳定四川的同时，章太炎还将精力转向广东。29日，陈炯明率粤军进人广州，章太炎就在那一天给陈炯明发去一份通电，希望陈炯明顺应潮流，联合西南六省力图自治，以观北方之变。表示军政府本是赘疣，既然已被裁撤，就没有必要再设了。这种军政府对于各省并没有什么帮助，强者得之则为侵略之利器，弱者得之则为乞降议和之机关，对外无法主持对北方的作战，对内无助于境内各省自治发展。所以章太炎竭力反对重建军政府，力主实行联省自治，恢复辛亥倡义原状。

　　章太炎的通电与广东省内正在兴起的自治思潮遥相呼应，对陈炯明产生了相当的影响。11月初，陈炯明以广东省民选省长的身份郑重发表声明，宜布广东省将坚持走地方主义的路线，今日以后，广东省广东人民共有之，广东人民共治之，广东人民共享之。

　　统一的中国对于中国人来说，具有重要的象征意义，即使是在中央集权过于强大、地方势力受到极度摧残的情况下，对于绝大多数中国人来说，他们所考虑的依然只是怎样才能建立一个合理的分权模式，而很少思考怎样将中国分裂为若干个具有独立主权的国家。因此，在各省自治运动开始之初，人们的关注点就不仅仅在于自治上，而是充分考虑到了国家的整体利益和中央与地方的相互关系问题。对于陈炯明力主的广东自治，湖南方面的谭延阅等人当然乐观其成，但湖南毕竟只是中国的一部分，湖南的驱张运动在很大程度上获得过南方军政府的支持，其自治运动虽然期待包括广东在内的各省共同合作，共襄盛举，但湖南方面毕竟要凭借南方军政府撑腰以与北方政府周旋，所以湖南尽管赞成广东自治，但他们对南方军政府被莫名其妙地取消，无论如何也是难以接受的。11月2日，湘督谭延闾通电声称，军政府为西南集合体，不承认取消，并宣称湖南省实行自治，并不是终极目的，湖南自治运动的基本目标是“树联省自治之基”，所以湖南不愿接受任何一方之干涉。

　　地方自治究竟与中央是一种什么样的关系，这不仅是谭延闾的困惑，也是那时中国人的普遍困惑。为了缓解这些困惑，章太炎向各方面充分解释他的想法，认为联省自治并不是不要中央政府，只是中央政府与地方政府应该有一个明晰的权力分际，有一些归中央管，有一些归地方管，各管各的，互不干涉。中央政府就是一个虚设的机构，地方拥有充分的权力，地方的强势人物不再对中央政府的总统、总理有兴趣，中国的政治纷争必将大幅度减少。这就是章太炎“联省白治、虚置中央政府”的基本构想。

　　根据这些构想，章太炎建议，西南各省军政当局要充分利用南北政府无暇干预的大好时机，放弃各自先前的隔膜与误解，集中精力建设家园，共同努力，保境安民，同依联省自治之名，共解附庸陪藩之诮，不再介入南北两政府内部无聊纷争内讧，不再将南北两政府任何一方当作靠山，独立自主，从容整治，然后联结自治、各省结成自治大同盟。在这种新体制下，各省优势必能充分发挥，邻省之间必能互通有无，取长补短，和平竞争，各自美好的家园必将在这一代人手中建设起来，中国的政治面貌必将有一根本改观。