史万岁军数十日杳无音信，远近皆以为其部已全军覆没。由于水陆交通阻绝，信使不通，史万岁只得置书信于竹筒之中，浮于水上，顺流而下。有取水之人得到竹筒后，报告给杨素。杨素大喜，并上奏报于隋文帝。隋文帝接报后赞叹不已，赐史万岁家钱十万，官拜左领军将军。杨素军也继续追击反隋散兵，抓获高智慧，平定了叛乱。

　　南宁州(治味县，今云南曲靖西)羌族首领爨翫于隋初接受招抚，被任命为昆州(治在今云南昆明市西郊马街附近)刺史，后又叛隋。

　　开皇十七年(597年)二月，隋文帝史万岁为行军总管击爨翫。史万岁率部经蜻蛉川(今云南大姚)、弄栋(今云南姚安北)、小勃弄、大勃弄(二地均在今云南下关东南)，进入南宁州地区。爨翫依险固守，均被史万岁击破。隋军行数百里，经过诸葛亮纪功碑，见其背刻铭文：“万岁以后，超过我的就过此界。”

　　史万岁令左右将碑倒置，继续向西挺进，渡西洱河(今云南洱海)，入渠滥川(位于云南下关东北)，转战千余里，破西南羌族30余部，俘二万余人，诸羌大惧，爨翫被迫再度请降。献明珠宝物，表示愿听约束，并刻石勒铭，赞颂隋朝圣德。史万岁遣使飞骑上奏，请将爨翫入朝，隋文帝准其所奏。

　　但爨翫心怀二志，不想随军入朝，便以金宝贿赂史万岁，于是史万岁便放爨翫而还。当时蜀王杨秀正在益州(今四川省成都)，知其受贿，派人索取。史万岁闻知此事，将所得金宝全部沉于江底，杨秀无所获，只得作罢。

　　史万岁以平定南方各部落之功，位进上柱国，晋王杨广虚怀敬重他，并用朋友的礼节待他。隋文帝知道他被晋王看好，就派万岁监管晋王府的军中事务。

　　第二年，爨翫又反叛。蜀王杨秀弹劾史万岁受贿纵贼，致生边患，毫无大臣气节。隋文帝下令严查此事，查对属实，其罪当死。

　　隋文帝责问他：“你接受贿赂私自放走贼寇，让士卒军马再度受到劳累。朕每想到将士们的辛苦，寝不安席，食不甘味，你这种做法难道是社稷臣该做的吗？”

　　史万岁辩解说：“臣留着爨翫一条性命，是担心这个地方会有变故，将他留下加以镇抚。臣撤军到达泸水，诏书才到，因此没有将他押送入朝，实在不是接受了贿赂。”

　　隋文帝见史万岁不承认错误，大怒道：“我原以为你是个良臣，怎么如今官职大俸禄重，反而变成国贼了呢？”并对有司说：“明天就杀掉他。”

　　史万岁惧而服罪，向隋文帝顿首请命。左仆射高颎和左卫大将军元旻等见他已认罪，便也为他说情：“史万岁才略非同一般，每次率军作战，身先士卒，又善于抚恤将士，大家乐意为他效力，即使是古代名将也难超过他。”

　　隋文帝听后，怒气稍解，将他削官为民。一年后，恢复官爵，授河州(今甘肃省临夏东北)刺史，兼领行军总管，以防备胡人来犯。

　　开皇十九年(599年)，突厥都兰可汗被部下所杀，其部落大乱。为挽救突厥颓势，达头可汗自立为步迦可汗。开皇二十年(600年)四月，率兵进犯隋朝。

　　隋文帝命晋王杨广、尚书右仆射杨素出兵灵州(治回乐，今宁夏灵武西南)，汉王杨谅与史万岁出兵朔州(治善阳，今山西朔县)，合击步迦可汗。

　　史万岁率柱国张定和、大将军李药王、杨义臣出塞，军至大斤山(即今内蒙大青山)，与步迦可汗军遭遇。

　　步迦可汗派人问：“隋军主帅是谁？”

　　侦察骑兵报告说：“是史万岁。”

　　步迦可汗又问：“莫不是敦煌守卒史万岁？”

　　侦察骑兵说：“是啊。”

　　步迦确定隋军统兵将帅是当年威震敦煌的史万岁后，慌忙引军回撤。史万岁挥马追击百余里，大破突厥军，斩杀数千。又继续跟踪追入沙漠数百里，凯旋而归。

　　史万岁自大斤山回京后，杨素妒忌其功，在隋文帝面前谮言史万岁，说：“突厥已经投降了，况且他们本来不是入寇，只是放牧而已。”因此隐瞒了他的功劳，不予褒奖。史万岁数次上表陈述，隋文帝仍未醒悟。

　　此时，隋文帝从仁寿宫初还京师，并刚废掉太子杨勇，所以严防东宫结党谋变。

　　隋文帝问史万岁现在何处，其时史万岁正在朝堂上，但杨素见隋文帝正怒，却故意说：“万岁拜访东宫去了。”以激怒隋文帝。

　　隋文帝信以为真，立即下令召见史万岁。当时出征将士数百人在朝称冤，史万岁对众人说：“我今天就把你们的功劳极力地陈述给皇上，事情会解决好的。”

　　史万岁见到隋文帝后，说：“将士们有功，却被朝廷所抑制！”

　　他的语气激昂愤慨，对隋文帝也不顺从。

　　隋文帝越发震怒，令武士将史万岁暴杀于朝堂之上。

　　李药王作为史万岁的下属，也屡立战功，开皇九年被授上开府仪同三司，袭爵永康公。十年，任婺州刺史。十四年授南宁道行军总管，册授大将军。十八年，授云州道行军总管。十九年，又除石州刺史。廿年，又授朔州道行军总管。